İskender Paşa Cami'nin H. 936, M. 1529 tarihli inşa kitabesi cephedeki giriş kapısı üzerindedir. Ayrıca burada yapının bugünkü haline kavuştuğu 1882 yılı onarımına ait kitabe de bulunmaktadır.

Camiye değişik zamanlarda ilaveler yapılmış ve onarımlarla orijinalitesi bozulmuştur. Minare, tuğla ve renkli taşlarla almaşık tarzda yapılmıştır. Yapının esas planı İznik'teki Yeşil Cami'ye benzemektedir. Mihrab ve mimber mermerden yapılmıştır. 19'uncu yüzyıl Barok süslemelerine sahiptir. Üzerlerinde iri yapraklı kıvrım dallı bordürler, kartuşlar bulunmaktadır. Caminin içerisinde kalem işi süslemeler de bulunmaktadır.